De acordo com a região, os diferentes Comandos Militares recebem incumbências específicas. Na Amazônia, por exemplo, são muitas as missões relativas a proteção de fronteiras, questões ambientais e combate à entrada de drogas no país. São exemplos: a Operação República, uma ação conjunta do Exército com a Polícia Federal, que se estabeleceram na fronteira do Brasil com o Peru para combater o contrabando de armas e o tráfico de drogas; a Operação Ocidental, combatendo a extração ilegal de madeira no Parque Nacional da Serra do Divisor, no Acre, apoiando o Ibama.

Na Zona Oeste, existe o Comando Militar do Oeste, que também ficou conhecido pela Operação Real Plus, em 1994, quando vários comboios transportaram grandes valores, devido à mudança de moeda no país.

O Comando Militar do Nordeste participou de missão de paz em Angola, nos anos de 1995 e 1996 e outras manobras, incluindo aí a defesa do território do Recôncavo Baiano, onde fica um importante pólo petroquímico, em 1977.

O 3.º Batalhão de Polícia do Exército do Comando Militar do Sul foi acionado para uma missão de paz no Timor Leste, em 2000. Além disto, este comando enviou forças expedicionárias para lutarem na II Guerra Mundial.

A Força Expedicionária Brasileira também contou com membros do Comando Militar do Leste, que também esteve presente em Angola, construindo pontes na cidade de Malange. Foi também este comando que atuou diretamente na Conferência Sobre Meio Ambiente (a ECO-92), fazendo patrulhas, organizando o trânsito, fazendo escoltas etc.

O Comando Militar do Sudeste tem em seu histórico o envio de uma Força de Manutenção da Paz para o Timor Leste e o exercício Combinex, em que atuam juntas as três Forças Armadas (Marinha, Exército e Aeronáutica) em treinamentos de defesa aeroespacial.

A Força de Manutenção da Paz para o Timor Leste também contou com o Comando Militar do Planalto. Em 1999 e 2000, o Batalhão da Guarda Presidencial participou na defesa da propriedade do Presidente da República.