Fundada em Roma, em 1539, pelo espanhol Inácio de Loyola, a Companhia de Jesus tinha o principal objetivo de combater a reforma protestante e foi uma instituição muito atuante na colonização do Brasil. Os primeiros jesuítas vieram para o Brasil em 1549, quando desembarcaram na Bahia junto com o governador geral Tomé de Souza.

Segundo os historiadores, os jesuítas fizeram um trabalho relevante com os indígenas, em geral, mas em relação à escravidão, não se envolveram tanto assim.

Costumavam agrupar os índios em aldeias que eram classificadas como Missões. Nessas missões, os índios eram catequizados e trabalhavam no cultivo da terra. Os jesuítas administravam vastas extensões de terra. O excedente do que era produzido negociavam com os colonos.

Anchieta e Nóbrega, os dois jesuítas presentes à fundação de São Paulo, trabalharam com os índios no Brasil de forma diferente. José de Anchieta dominava várias línguas e foi responsável pela elaboração de uma gramática de língua nativa (chamada de língua brasílica). Manoel da Nóbrega participava menos nas letras e mais como líder, segundo consta, por seu temperamento enérgico e diplomático.