O nome Macapá tem origem na língua tupi, sendo uma variação do termo "macapaba" que significa "lugar de muitos bacabas".

Antes de ser assim chamada, Macapá recebeu dois nomes. Foi batizada como Adelantado de Nueva Andaluzia em 1544 pelo então Rei da Espanha, Carlos V, recebendo mais tarde, na época de sua fundação, o nome de São José de Macapá.

A cidade foi criada a partir de um destacamento militar criado em 1738. Vinte anos depois, no dia 4 de fevereiro, o governador do Grão-Pará, Francisco Xavier de Mendonça Furtado, fundava Macapá, habitada nos seus primórdios por casais de açorianos que lá aportaram.

O governador chegou com a missão de demarcar fronteiras na região Amazônica, através do Tratado de Madri, assinado em 1750, aproveitando para transformar o povoado em cidade.

Em 1943, Macapá passou a ser capital do território do Amapá, o qual só ganharia status de estado em 1988.