Belém foi fundada por Francisco Caldeira Castelo Branco com o nome de "Feliz Lusitânia", sendo depois batizada de "Santa Maria de Belém do Grão-Pará". O nome Belém veio mais tarde, em homenagem a um dos mais antigos bairros de Lisboa, Portugal, também chamado Belém.

Criada como porto fluvial, Belém nasceu na mesma época que o Forte do Presépio (ou Forte do Castelo) foi construído. O objetivo era dificultar o acesso de estrangeiros, como portugueses, holandeses e ingleses, à região.

Em 1751, é elevada à capital do Maranhão e do Grão-Pará, estados que cobriam o extremo norte do país.